Élelmiszer-minőségű szilikon cső általában nem ajánlott fertőtlenítőszerekkel közvetlenül érintkezni. Bár a szilikon csövek bizonyos esetekben elviselnek bizonyos vegyszereket, a fertőtlenítőszerek gyakran tartalmaznak erős oxidálószereket, kloridokat, alkoholokat vagy más korrozív és reakcióképes kémiai komponenseket, amelyek reakcióba léphetnek a szilikon géllel, ami felületi korróziót, keményedést, elszíneződést vagy a szilikoncső teljesítményének romlását okozhatja.
Például, bár a nátrium-hidroxid és a szilikongél közötti reakció szobahőmérsékleten viszonylag enyhe, magas hőmérsékleten heves reakcióba léphet, ami befolyásolja a szilikoncsövek teljesítményét. Hasonlóképpen, a klórtartalmú fertőtlenítőszerek, például a nátrium-hipoklorit erős oxidáló tulajdonságokkal rendelkeznek, és károsíthatják a szilikagél kémiai szerkezetét. Bár az alkoholos fertőtlenítőszerek kevésbé irritálóak, a hosszú távú expozíció káros hatással lehet a szilikongélre.
